באגנים אלה מתבצע תהליך של פירוק וייצוב הבוצה בתנאי חוסר חמצן בעזרת חיידקים אנאירוביים המתפתחים בהם. התהליך הביולוגי האנאירובי באגנים מורכב משני שלבים, בשלב הראשון מתפרק החומר האורגני לחומצות אורגניות ובשלב השני מתפרקות החומצות האורגניות לגזים: מתאן ופחמן דו-חמצני. כל אגני ההתעכלות במכון הם חד-שלביים, מעורבלים ומחוממים, ויעילותם גבוהה. במרוצת השנים נערכו שדרוגים רבים לאגני ההתעכלות.
בשנת 2009 הסתיימו עבודות הפיתוח של אגן מס' 5, שבמסגרתן הוחלפה מערכת הערבול בגז והותקנה במקומה מערכת ערבול חדשנית המבוססת על משאבה. משאבה זו מזרימה את הבוצה בספיקה של 1,000 מק"ש דרך 6 מתזים הממוקמים בתחתית האגן וגורמים לערבול יעיל יותר של הבוצה באגן. כמו כן מסוגלת המשאבה לטחון את הסמרטוטים שנמצאים בבוצה.
בשנת 2012 התבצעו עבודות שדרוג לאגן תסיסה מספר 3 – במסגרת השדרוג הוקם גג חדש מבטון, הותקנה מערכת עירבול חדשה, מערכת שבירת קצף חדשה והוחלפה כל הצנרת באגן. אגן התסיסה המשודרג יופעל עד לסוף השנה.
במהלך שנת 2014 בוצעו ריקון וניקוי יסודי של אגן התעכלות מס' 7 ובכך הושבת לראשונה האגן מאז הפעלתו בשנת 2000. באגן בוצעו עבודות צנרת והותקנו מגופי סכין עם הפעלה פניאומטית המאפשרים תפעול מהיר ויעיל של המערכות השונות. בוצע שיקום ואיטום לגג האגן והותקנה מערכת חדשה לויסות הלחץ בתוך האגן המאפשרת את הפעלתו הבטוחה.