השפכים המטופלים היוצאים מתהליך השיקוע השניוני נקראים קולחים והם מוזרמים למאגר תפעולי של חברת מקורות הצמוד למכון הטיהור. הקולחים עוברים חיטוי בעזרת כלור ומוזרמים בצנרת לעמק יזרעאל, שם הם נאגרים במאגרי תשלובת הקישון ומשמשים להשקיית שדות חקלאיים בעמק יזרעאל.