למכון הטיהור מגיעים מידי יום כ-105,000 מ"ק של שפכים סניטריים ושפכים תעשייתיים. תהליך הטיפול בשפכים מתחלק לשלושה שלבים עיקריים: טיפול קדם, טיפול שניוני וטיפול שלישוני.
טיפול קדם: טיפול מכני הכולל סינון גס של השפכים, שיקוע חול וגרוסת (שיקוע של חלקיקים כבדים) ושיקוע ראשוני הכולל הרחקת חלק מהמוצקים המרחפים והחומר האורגני.
טיפול שניוני: טיפול ביולוגי בו מתבצע תהליך של פירוק החומר האורגני בשפכים, הרחקת המוצקים המרחפים, שיקוע של הבוצה.
טיפול שלישוני: סינון הקולחים וביצוע חיטוי להשמדת חיידקים פתוגנים.